در مورد محل دفن حضرت زینب(س) سه قول هست:

1. حضرت زینب(س) به مدینه آمد و پس از ورود به مدینه پیوسته عزادار و گریان بود تا این که پس از یک سال و نیم در همان مدینه از دنیا رفت و در همان جا دفن شد. اکنون از قبر آن بانوی محترمه، اثری در دست نیست. این قول را علامه سید محسن امین اختیار کرده و از اقوال دیگر معتبرتر می داند.

2. حضرت زینب(س) پس از ورود به مدینه، در مجالس و محافل سخن می گفت و مظالم و جنایات یزیدیان را بازگو می کرد. فرماندار مدینه ماجرا را به یزید نوشت و او دستور داد زینب را مخیر سازند تا هر شهری که می خواهد (غیر از مکه و مدینه) برود. حضرت زینب به شام رفت و در آن جا اقامت کرد و پس از چندی در همان جا از دنیا رفت. البته برخی احتمال داده اند قبری که در شام است، قبر زینب صغری (ام کلثوم) است، نه قبر زینب کبری.

3. زینب (س) به علت افشاگری علیه دستگاه بنی امیه، مجبور شد که مدینه را ترک کند. از این رو مصر را انتخاب کرد و در آن جا رحل اقامت افکند و همان جا از دنیا رفت. سیده زینب در شهر قاهره هم اکنون زیارتگاه مجلل و با شکوهی است و...))، (ر.ک : زندگانی حضرت فاطمه(س) و دختر آن حضرت، سید هاشم رسولی محلاتی).

بنابراین نمى‏توان به صورت یقینى گفت که قبر حضرت زینب(س) در شام است و اگر مسلّم باشد که آنان در شام دفن شده‏اند در این صورت مى‏توان پرسید که آیا آنان دوباره به شام برگشته‏اند؟ در این مورد برخى از مورّخان نوشته‏ اند که حضرت زینب کبرى(س) در اثر قحطى در مدینه و یا واقعه‏ى «حرّه» به همراه شوهرش عبداللّه‏ به شام آمد و در آن‏جا وفات یافت و واقعه «حرّه» این است که در سال 62 هجرى قمرى مردم مدینه یزید را از حکومت خلع و حاکم اموى مدینه را عزل کردند. این خبر به یزید رسید. یزید، مسلم بن عقبه را با 12 هزار نفر به سوى مدینه فرستاد. نیروهاى مسلم بن عقبه در شرق مدینه در مکانى به نام حرّه مستقر شدند و از آن جا به شهر حمله و شهر را قتل و غارت کردند(تاریخ و اماکن سیاحتى و زیارتى سوریه، ص 63 و منتخب‏التواریخ، ص 66).
آن چه باید در این گونه موارد مورد توجه واقع شود این است که دشمن همواره تلاش مى‏کرد تا اقلیت شیعه را که پیرو امامان معصوم بودند، از بین ببرد و براى همین در کربلا همه را کشتند و در واقعه «حرّه» بسیارى از علویان را کشتند و به این کشتار در طول تاریخ ادامه دادند. با وجود این گونه دشمنان چطور مى‏توان در باب ولادت، وفات، محل دفن و تاریخ زندگى این شخصیّت‏ها سخن قاطعانه گفت؟!
نکته دیگری که توجه به آن خوب است این است که آنچه مهم است انجام زیارت و ارتباط معنوی با اولیای خدا است لذا ما در، هر سه مورد حضرت زینت سلام الله علیها را زیارت می کنیم و هیچ گونه مشکلی ندارد و در، هر صورت این بارگاهها مرکز عبادت و توسل به حضرات معصومین و زینب کبری است و دشمن شکن هم هست.